Rokotukset suojaavat lemmikkiä monelta vaaralliselta taudilta. Virustauteihin ei ole olemassa täsmällistä, parantavaa lääkitystä ja siksi rokottaminen on tärkeää. Alla tavanomaiset rokotusohjelmat. Näyttelytoiminta, kokeet, metsästys ja metsästyskokeet, matkustus ulkomaille, lemmikin tiineys jne. voivat vaikuttaa rokotussuosituksiin ja -määräyksiin.
Koiria rokotetaan parvovirusta, penikkatautia, tarttuvaa maksatulehdusta, kennelyskää ja raivotautia vastaan. Tiineitä narttuja voidaan myös rokottaa herpesvirusta vastaan sekä ulkomaille matkustavia koiria leptospira –bakteeritautia vastaan.
Koiranpennuille suositellaan annettavaksi ensimmäinen rokotus 10-12 viikon iässä: nelosrokote tai kolmoisrokote ja nenätippana annettava kennelyskärokote. Rokotus uusitaan kuukauden päästä ensimmäisestä rokotuksesta, jolloin pennulle voidaan antaa myös raivotautirokotus. Täysi suoja saavutetaan pari viikkoa tehosterokotuksen jälkeen. Pentuiän jälkeen rokotukset uusitaan vuoden kuluttua ja tämän jälkeen 3 vuoden välein. Kennelyskärokote on kuitenkin uusittava vuosittain, jos sen suoja halutaan pitää voimassa. Etenkin paljon muita koiria tapaavat koirat ja riskiryhmässä olevat koirat kannattaa rokottaa vuosittain kennelyskää vastaan.
Tartuntavaarassa olevat pennut voidaan rokottaa ensimmäisen kerran kolmois- tai nelosrokotteella jo kuuden viikon iässä ja tehosterokotukset annetaan 8 ja 12 viikon iässä.
Kissoja rokotetaan kissaruttoa ja –flunssaa vastaan. Ulkona vapaana liikkuvat kissat tarvitsevat myös raivotautirokotteen. Kissoille on olemassa rokote myös tarttuvaa leukemiaa vastaan samoin kuin klamydia –bakteeria vastaan.
Kissanpennuille ensimmäinen rokotus annetaan 8-12 viikon iässä: kissarutto ja -flunssarokote. Rokotus uusitaan kuukauden kuluttua ensimmäisestä rokotuksesta, jolloin ulkona vapaasti liikkuville kissoille voidaan antaa myös raivotautirokotus. Pentuiän rokotusten jälkeen rokotukset uusitaan vuoden kuluttua ja tämän jälkeen 1-3 vuoden välein riippuen kissan elämäntilanteesta esimerkiksi näyttelyissä käymisestä, hoitolassa asumisesta jne. Ongelmakissaloiden rokotusohjelma on laadittava tapauskohtaisesti.
Kaneja rokotetaan kanien tarttuvaa verenvuotokuumetta RHD:tä sekä myksomatoosia vastaan. Kaninpoikaset voidaan rokottaa viiden viikon iästä lähtien ja rokote uusitaan vuosittain.
Frettejä rokotetaan penikkatautia ja tarvittaessa raivotautia vastaan. Fretinpennuille ensimmäinen penikkatautirokotus annetaan yli 10 viikon ikäisenä ja rokotus tehostetaan vuosittain.